La visión para crear el Instituto Ser Internacional nació del Hno. Eduardo Luis Fuentes Melo. Los primeros pasos de esta misión educativa comenzaron el 4 de febrero de 1995, a través de un convenio con el Centro de Capacitación Don Bosco, donde se impartían clases los sábados por la tarde.

Esta etapa inicial sirvió como cimiento, y aunque el convenio concluyó por mutuo acuerdo en junio de 1995, el impulso ya estaba dado. Tan solo un mes después, en julio de 1995, la institución se estableció en la que se convertiría en su sede principal: una ubicación en la Cra. 34 N° 36 99 del Barrio El Diamante (Comuna 13) en Cali, Valle, donde funciona hasta el presente.

Con el firme propósito de ampliar su alcance, el instituto inauguró una nueva sede en el Corregimiento de Villa Gorgona (Candelaria, Valle) en febrero de 2005. Desde sus inicios, la institución ha enfocado sus esfuerzos en brindar cobertura a la población de los estratos 1, 2 y 3 , ofreciendo programas educativos tanto los sábados por la tarde como entre semana, de lunes a jueves.